El callejón que actualmente se conoce como Pasaje del Ayuntamiento se había previsto en la primera traza de la ciudad, pero fue en 1536 cuando empezaron a construir la casa del Ayuntamiento.

En aquel entonces constaba de tres salas, la principal correspondía al Cabildo y aquí también se encontraba la vivienda del alcalde. De esta construcción solo sobrevive la fachada del actual Palacio.

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Después, en 1537, un acuerdo con el Cabildo causó que se construyeran dos portales dentro de los solares del Ayuntamiento. De estos portales, uno fue bautizado como Portal de la Audiencia que ahora ha sido llamado como Portal HidalgoEl Pasaje del Ayuntamiento se construyó para dividir al Ayuntamiento de dicho portal.

En 1578 el ex mayordomo de la ciudad, Cristóbal Sánchez fue el encargado de construir sobre ese callejón una capilla para la gente del mercado y los regidores, con el fin de que éstos pudieran escuchar misa antes de entrar en cabildo como era costumbre. Del mismo modo se le encargó construir en los extremos de la obra dos arcos. La capilla se inauguró en 1591.

En 1835 el callejón se tituló como “Callejón de la Cárcel”, por la cárcel del Ayuntamiento.

A fines de 1862 el Ayuntamiento había vendido el local de cárcel a Ignacio Guerrero para la construcción de un teatro. De esta forma, la entrada al público se formaba por puertas en el Portal, mientras que el callejón fungía como entrada para los actores, por lo tanto, ahora tomó el nombre de “Callejón del Teatro”, durante 1891. 

En 1901, el callejón se convirtió en un centro concurrido con techos de cristales, dándole el nombre por el cual actualmente se conoce “Pasaje del Ayuntamiento”.

Actualmente, se lleva a cabo la limpieza de fachadas, pintura, mantenimiento a la red eléctrica y sustitución de luminaria del callejón.