El nombre se origina de los vocablos nahuas «molotl», gorrión; «caxa», nidal, y «c», en; que significan «el nidal de los gorriones, o donde éstos tienen sus nidos».
Al sureste de la ciudad de Puebla, el municipio de Molcaxac ofrece un impresionante paisaje natural y gran atractivo para realizar actividades de ecoturismo y aventura. Destacan la Cascada Cola de Caballo, la caverna Puente de Dios y otras bellezas naturales en la Sierra del Tentzo y la vertiente del río Atoyac.
Se pueden identificar dos climas; clima templado subhúmedo con lluvias en verano, ocupa la mayor parte del municipio. clima semicálido subhúmedo con lluvias en verano, se presenta en una área reducida al extremo poniente.