Se dice que Puebla tuvo una serie de problemas en sus inicios los cuales ocasionaron que la ciudad tuviera que refundarse. Sí, un temporada de aguaceros acabó con las casas que se habían construido hasta ese momento con adobe y paja. La gente abandonó el lugar y sólo los frailes franciscanos quedaron ahí.
Al observar que la cuesta del terreno del lado poniente del río era más propicia para el desagüe de las lluvias, los que se quedaron se reinstalaron en ese lugar, que corresponde a la actual Plaza Mayor llamado zócalo de Puebla.
Por tradición se eligió el 29 de septiembre de 1531 como fecha de la segunda fundación porque es el día de San Miguel, quien fue elegido como patrono de la ciudad.